不管是淡水還是海洋水族館都常常面臨以下兩個問題：一是海水中海藻逐漸增多；二是水中寄生蟲會導致魚類疾病。在這里殺菌燈管顯示出它的優點。

溫水為微生物的生長提供了良好的條件，而人造光則促進藻類的生長。對此可以使用魚池的消毒系統，而對于私人的養魚池僅使用一套殺菌燈管即可。使用殺菌燈管時應注意抽水速度，不要太快，要盡可能慢，以保證自來水有足夠的時間停留在燈管前面，有利于提高殺菌率和藻類的積累。

在水塘和水族館中使用殺菌燈管還有利于除去新進魚帶來的寄生蟲，這種寄生蟲有時會帶來災難性的后果。UVC處理特別有利于去除懸浮的游動孢子，抑制繁殖，并在短時間內保持水不含寄生蟲。甚至已經感染細菌的魚的病態癥狀也得以消失。